وتنقسم إلى ثلاثة أقسام في 24 مجلد
القسم الأول: القرآن ويحتوي 12 مجلد = 20 كتاب
المجلد الثاني: شبهات حول ما توهم من أخطاء لغوية في القرآن الكريم
المجلد الثالث: شبهات حول التاريخ الإسلامي 1
المجلد الثالث: شبهات حول التاريخ الإسلامي 2
المجلد الثالث: شبهات حول النظم الحضارية في الإسلام
المجلد الرابع: شبهات حول العقيدة الإسلامية وقضايا التوحيد
المجلد الرابع: شبهات حول الإيمان والتدين
المجلد الخامس: شبهات حول مقارنة الأديان
المجلد الخامس: شبهات حول مقارنة الأديان
المجلد السادس: شبهات حول الأنبياء والرسل 1
المجلد السادس: شبهات حول الأنبياء والرسل 2
المجلد السابع: شبهات حول مصدر القرآن والنسخ والقراءات والقصص القرآني والمكي والمدني والكتب السماوية
المجلد السابع: شبهات حول عصمة القرآن وكماله
المجلد الثامن: شبهات حول العبادات والمعاملات الإقتصادية في الإسلام
المجلد التاسع: شبهات حول الجهاد والرق
المجلد التاسع: شبهات حول السياسة الجزائية في الإسلام
المجلد العاشر: شبهات حول التشريع الإسلامي
المجلد العاشر: شبهات حول مرونة التشريع الإسلامي وصلاحيته لكل زمان ومكان
المجلد الحادي عشر: شبهات حول المرأة وحقوقها في الإسلام
المجلد الحادي عشر: شبهات حول أحكام الأسرة في الإسلام
المجلد الثاني عشر: الفهارس
القسم الثاني: الرسول صلى الله عليه وسلم 4 مجلدات = 7 كتاب
المجلد الأول: شبهات حول أخلاق النبي صلى الله عليه وسلم
المجلد الثاني: شبهات حول عقيدة النبي صلى الله عليه وسلم وعصمته ومعجزاته
المجلد الثاني: شبهات حول دعوة النبي صلى الله عليه وسلم وتبليغه للوحي
المجلد الثالث: شبهات حول نبوة النبي صلى الله عليه وسلم وعلاقته بأهل الكتاب
المجلد الثالث: شبهات حول تشريعات النبي صلى الله عليه وسلم وسياسته وجهاده
المجلد الرابع: الفهارس
القسم الثالث: السنة النبوية 8 مجلدات = 13 كتاب
المجلد الأول: ج 1: شبهات حول مصدر السنة وحجيتها
المجلد الأول: ج 2: حول تدوين السنة والوضع فيها
المجلد الثاني: ج 3: شبهات حول عدالة الصحابة 1
المجلد الثاني: ج 4: شبهات حول عدالة الصحابة 2
المجلد الثالث: ج 5: شبهات حول الأئمة والرواة
المجلد الثالث: ج 6: شبهات حول دوواين السنة
المجلد الثالث: ج 7: شبهات حول قضايا الإسناد والمتن
المجلد الرابع: ج 8: شبهات حول أحاديث العقيدة (1) الإلهيات
المجلد الرابع: ج 9: شبهات حول أحاديث العقيدة (2) النبوات
المجلد الخامس: شبهات حول أحاديث العقيدة (3) السمعيات
المجلد السادس: شبهات حول أحاديث الفقه (1) العبادات
المجلد السابع: شبهات حول أحاديث الفقه (2) المعاملات وأبواب أخرى
المجلد الثامن: الفهارس